Doanh nghiệp Nhà nước Cảng Tôn Thất Thuyết được thành lập từ 23/8/1989 dưới sự chỉ đạo và quản lý của UBND Quận 4, TPHCM tập trung đầu tư cải tạo nâng cấp mở rộng trên quy mô lớn nhằm phục vụ cho chiến lược phát triển cơ cấu kinh tế của Quận 4. Đến ngày 29/3/1993 Cảng Tôn Thất Thuyết được UBND Thành phố ra quyết định thành lập số 144/QĐ-UB và Cảng Tôn Thất Thuyết chính thức đi vào hoạt động theo loại hình DNNN với chế độ hạch toán độc lập, tự chủ về tài chính , có tư cách pháp nhân và có con dấu riêng.
Cảng có vị trí thuận lợi cho hoạt động dịch vụ như hàng hoá trong kho có thể xuất hoặc nhập bằng đường bộ hoặc đường thủy, hoạt động của đoàn tàu Phú Quốc với hàng hoá giao nhận hai chiều từ Cảng chuyển đi Phú Quốc và từ Phú Quốc chuyển vào cũng rất thuận lợi. Bên cạnh còn có bến tàu khách rất tiện lợi cho hàng hoá được chuyển từ các tỉnh Miền Tây lên TPHCM thông qua Cảng, đồng thời cũng có dịch vụ cho du khách muốn đi du lịch đến các tỉnh Miền Tây bằng tàu.
Thực hiện chủ trương của Đảng và Nhà nước về Cổ phần hoá các doanh nghiệp tại Thành phố, nhằm giúp cho người lao động được làm chủ, họ sẽ có trách nhiệm hơn trong công việc đồng thời luôn ý thức tiết kiệm chi phí nhằm mục đích đạt được lợi nhuận cao , do đó DNNN Cảng Tôn Thất Thuyết đã được chuyển sang Công Ty Cổ Phần Cảng Tôn Thất Thuyết theo quyết định số 5764/QĐ-UB ngày 31/12/2003 của UBND TPHCM và trực thuộc sự chỉ đạo của Tổng Công Ty Cơ Khí Giao Thông Vận Tải Sài Gòn - TNHH Một Thành Viên (SAMCO)
- Kinh doanh xăng dầu, vật liệu xây dựng.
- Dịch vụ bốc xếp, giao nhận, kiểm đếm đóng gói hàng hóa.
- Cho thuê văn phòng, mặt bằng, kho, bãi, kios, nhà xưởng.
- Bến tàu vận chuyển hàng hóa.
- Tàu khách đi các tỉnh Miền Tây.
- Vận tải hàng hóa đường bộ, đường thủy.